Hoyer hatte am Leipziger Konservatorium unter Reger, Straube, Krehl und Pembaur studiert und wurde 1911 Organist an der Ritter- und Domkirche zu Reval. 1912 ging er als erster Organist an St. Jacobi nach Chemnitz. Ab 1926 war er Lehrer für Orgelspiel und Theorie am Leipziger Konservatorium und gleichzeitig Organist an St. Nicolai.